Por ter contraído malária quando esteve no Marrocos, frei Antônio experimentou por cerca de dez anos, até sua morte, as sequelas físicas da doença. Um dos sintomas que mais lhe causava sofrimento era a hidropisia, isto é, a acumulação de líquidos corporais, o que gerava inchaços e deformações.
É nesta condição, já bastante debilitado pela malária, que em 1230 Santo Antônio decide renunciar ao cargo de Ministro Provincial para ir morar em Pádua, num pequeno convento junto da igreja de Santa Maria. Nessa cidade, além de fazer grandes pregações, ele escreveu seus sermões festivos, que ficaram incompletos por causa de sua morte prematura.
Em Pádua, Santo Antônio pregou de forma contundente contra o pecado da avareza, que crescia de modo expressivo com o aumento do poderio econômico da burguesia e gerava inúmeras injustiças contra os mais pobres. Com suas pregações, ele chegou a influenciar o munícipio de Pádua a decretar, em 15 de março de 1231, a libertação dos presos por dívidas.
Na Quaresma de 1231, frei Antônio pregou e atendeu confissões diariamente, de tal modo que levou inúmeras pessoas à conversão. Mas isso também lhe provocou muito cansaço e agravou...