Sobre a presença real de Jesus na Eucaristia, o Papa Paulo VI, na encíclica Mysterium fidei, de 03 de setembro de 1965, disse que:

"Esta presença chama-se 'real', não por exclusão, como se as outras não fossem 'reais', mas por antonomásia, porque é substancial, quer dizer, por ela está presente, de fato, Cristo completo, Deus e homem. Erro seria, portanto, explicar esta maneira de presença imaginando uma natureza 'pneumática', como dizem, do corpo de Cristo, natureza esta que estaria presente em toda a parte; ou reduzindo-a a puro simbolismo, como se tão augusto sacramento consistisse apenas um sinal eficaz 'da presença espiritual de Cristo e da sua íntima união com os fiéis, membros do Corpo Místico'." (DH 4412)

Esta citação remete ao Decreto sobre o sacramento da Eucaristia promulgado no Concílio de Trento, em 11 de outubro de 1551:

"Ora, porque Cristo, nosso redentor, disse que aquilo que oferecia sob a espécie do pão era verdadeiramente seu corpo, existiu sempre na Igreja de Deus a persuasão que este santo Concílio novamente declara: pela consagração do pão e do vinho realiza-se uma mudança de toda a substância do pão na substância do corpo de Cristo, nosso Senhor, e de toda a substância do vinho na substância de seu sangue. Esta mudança foi denominada, convencionalmente e com propriedade, pela santa Igreja católica, transubstanciação." (DH 1642)

Jesus está presente substancialmente na Eucaristia, não somente enquanto Deus, mas também enquanto homem, ressuscitado, glorioso, completo. Essa "presença" a Igreja chama de substancial.

A linguagem utilizada no Concílio de Trento tem sua base na filosofia aristotélica e, ainda hoje, é a mais adequada. O próprio Papa Paulo VI deixa claro na Mysterium fidei que não é possível mudar a linguagem ou adaptá-la.

A substância é a identidade da coisa. O acidente é a aparência da coisa. Tudo o que se vê é acidente. Não existe acesso à substância, em nada, não só na Eucaristia, é uma realidade metafísica. Os acidentes podem mudar, mas a substância permanece sempre a mesma. Mudar a substância significa mudar a identidade.

No dia a dia, quando ocorre uma transubstanciação (por exemplo, quando a vaca come grama e esta grama se transforma em leite) existe uma mudança de substância, mas também de acidente, ou seja, muda tanto a identidade quanto a aparência da coisa. Na Eucaristia, porém, ocorre um fenômeno diferente: muda a substância, mas não o acidente. A aparência, o gosto, o peso, o formato, tudo é de pão, mas a substância não é pão: é Jesus, corpo, sangue, alma e divindade. Jesus inteiro, completo, homem e Deus.

Na hóstia consagrada não há mais pão, pois a substância de pão já não existe mais, restou somente o acidente, ou seja, a característica do pão. Por isso que a presença de Jesus é real na Eucaristia.

Em todos os outros lugares existe também uma presença real de Jesus, mas não uma presença eucarística, por isso é salutar o uso de outros títulos: por imensidade, enquanto Deus, Criador do céu e da terra, mas não enquanto homem; pelo batismo e consequente imersão da pessoa na Igreja, o que o torna membro do corpo de Cristo, existe uma presença de Jesus. Essas 'presenças' de Cristo não podem ser chamadas de transubstanciação, mas de consubstanciação, ou seja, duas substâncias juntas. Na Eucaristia não existe o pão (ou a substância do pão), apenas a presença de Jesus (somente uma substância).

Os luteranos creem que existe a presença do pão e de Jesus ao mesmo tempo na Eucaristia. Os calvinistas creem que a presença de Jesus na Eucaristia é apenas simbólica. A fé católica, conforme já explicado, é bastante diferente.

A encílica Mysterium fidei foi promulgada porque alguns teólogos católicos estavam, de certa forma, abandonando a linguagem ideal para falar da Eucaristia e adotando a linguagem protestante. O Papa Paulo VI explica no início desse documento que ela (a encíclica) "não rejeita os novos conceitos de 'transignificação' e 'transfinalização', somente constata que não são suficientes para explicar adequadamente a mudança que ocorre na Eucaristia, e que devem ser completados com a noção de 'transubstanciação'. Mais à frente, ele continua dizendo:

"Bem sabemos que, entre os que falam e escrevem sobre esse sacrossanto mistério, alguns há que, a respeito das [...] divulgam opiniões que perturbam o espírito dos fiéis, provocando notável confusão quando às verdades da fé, como se fosse lícito, a quem quer que seja, passar em silêncio a doutrina uma vez definida ou interpretá-la de tal maneira que percam seu valor, o significado genuíno das palavras ou o alcance dos conceitos." (DH 4410)

Não dizer toda a verdade sobre a Eucaristia, por medo de ferir sensibilidade alheia ou por ecumenismo, faz com que o católico incorra no pecado da omissão, pois esta é uma verdade a que todo cristão está obrigado (tem o dever moral) de revelar a quem lhe perguntar.